（1）外感六淫之邪所致：如《河間六書》雲：“蓋以風、熱、燥、火、溼邪所致，故令肛門腫滿，結如梅核，甚至乃變而為瘻也。”《本草綱目》雲：“漏屬虛與溼熱。”均明確認識到肛瘻與風、熱、燥、火、溼邪侵襲人體有關。
（2）其他原因：《薛氏醫案》雲：“臀，膀胱經部分也。居小腹之後，此陰中之陰，其道遠，其位僻，雖太陽多血，氣運難及，血亦罕到，中年後尤慮此患。”據此，認為肛瘻與區域性氣血執行不足有關。
（3）飲食肥甘厚味，恣酒，憂思，便祕，房勞過度：《千金方》雲：“肛門主肺，肺熱應肛門，熱則閉塞，大行不通，腫縮生瘡”。《丹溪心法》曰：“人唯坐臥溼地，醉飽房勞，生冷停寒，酒面積熱，以致榮血失道，滲入大腸，此腸內臟毒之所由作也。”而《外科正宗》雲：“夫髒毒者，醇酒厚味，勤勞辛苦，蘊毒流注肛門結成腫塊。”
（4）痔瘡久而不愈：《諸病源候論》雲：“痔久不瘥，變為瘻也”。
對於病變過程，《內經》認為是因：“營氣不足，逆於肉理，乃生癰腫。”《千金翼方》則明確指出瘻是癰疽的後遺疾患，雲：“一切癰疽，皆是瘡瘻根本所患。癰之後膿汁不止，得冷即是鼠瘻”。