2歲以上的寶寶睪丸還不到位，又沒有做手術治療，那麼，日後會影響睪丸的生精功能，嚴重者可導致不育。因為，睪丸只有在陰囊裡才能產生出有活力的精子。通常，睪丸十分嬌氣，對熱非常敏感，而腹腔中的溫度僅比陰囊裡高出2℃～4℃，它就受不了，很容易出現睪丸上皮萎縮。結果要麼導致不能產生精子，要麼產生的精子活力不夠。並且，由於長期受腹腔較高溫度的影響，睪丸上皮細胞還可能發生惡變，形成惡性腫瘤。
除此，不在正常位置的睪丸，易受外傷或發生扭轉，造成睪丸的損傷。
小兒隱睪對孩子的心理影響是最大的。隱睪若不及時治療，對大齡兒可產生心理影響，可能延至成人。比如導致心理內向、孤僻、自卑、拒絕社會交往等,，還會引起不育症。