新生兒沙眼衣原體結膜炎一般出現在生後5-14天發病，胎盤早破者的新生兒可在生後2天左右發病。該病的臨床特點為眼瞼結膜充血腫脹明顯，並有大量分泌物流出（流淚），最初為漿液性分泌物，稀薄，以後轉為膿性分泌物，粘稠。與淋病性結膜炎比較，新生兒沙眼衣原體結膜炎的預後比較好一些，一般不會侵犯角膜，也不會發生角膜穿孔，造成失明者極為罕見。且大多數自然病程較短，持續2-3周後充血腫脹減輕，分泌物顯著減少，直至痊癒，很少會轉為慢性和留有後遺症。
沙眼衣原體結膜炎是新生兒最為常見的結膜炎型別之一。因此，對於那些出生不久便出現眼瞼紅腫，流淚，特別是有大量膿性分泌物，以及眼瞼結膜表面有偽膜形成時，必須及時做病原學檢查，以儘快明確病因，瞭解是否為沙眼衣原體感染所致。
一旦確診為新生兒沙眼衣原體結膜炎，必須予以正規治療。治療原則是將區域性用藥和全身用藥結合起來，以縮短病程，減少併發症和避免轉為重症和慢性病，防止留有後遺症。
應當充分認識新生兒沙眼衣原體結膜炎的發生大多源於孕婦，即孕婦感染沙眼衣原體後引起宮頸炎或子宮內膜炎，由此就有可能在新生兒娩出過程中使新生兒受到接觸感染而致病。國外有關資料表明，孕婦患沙眼衣原體宮頸炎，其分娩的新生兒大約有23%—70%感染率，其中約18%—50%可引起新生兒沙眼衣原體結膜炎。所以、預防新生兒沙眼衣原體結膜炎的主要措施就是積極防治孕婦沙眼衣原體感染。
沙眼衣原體是一種與性傳播有關的病原體，多數通過不潔性交傳播，少數是由於接觸了被汙染的衣物、器具和水源而受到傳染。因此，對於育齡婦女來說，必須加強自我保護，重視性衛生和性安全環節，避免任何形式的不潔性交行為，避免接觸那些受到汙染的物品。