一般來講，HIV感染後的自然發病過程可表現為以下幾個階段。
急性感染期：
大部分患者在此期，沒有任何症狀。但有一部分患者有發熱、寒戰、關節和肌肉痛等流行性感冒樣或傳染性單核細胞增多症樣症狀。
無症狀期（潛伏期）：
在急性感染期後，絕大多數HIV感染者沒有任何症狀，如同健康人一樣。因此，他們自己也不知道是什麼時候感染的，無症狀的HIV攜帶者作為傳染源的意義很大。
艾滋病前期：
在潛伏期之後，感染者開始出現明顯的與艾滋病有關的症狀和體徵。主要的臨床表現有：持續性的淋巴結腫大，首先開始於頸部，之後是腋下和腹股溝等處淋巴結的腫大；體重減輕（此時才出現）；持續數月的週期性發熱（38℃左右）；夜間盜汗；發生單純疙疹病毒、白色念珠菌（屬真菌類）等各種感染。
典型艾滋病期：
患者的免疫系統遭到嚴重破壞，極易發生各種致命性機會感染、腫瘤等。病變可發生在呼吸系統、消化系統、神經系統等全身各個系統。多數艾滋病患者的初期臨床表現為肺部症狀，最常見的是間質性漿細胞肺炎。此外，還會發生鉅細胞病毒性肺炎、細菌性肺炎、肺結核和肺卡波西肉瘤等。