治療口腔潰瘍，分區域性和全身兩部分。區域性重在消炎、止痛、促癒合，能有效緩解病情，顯著提高生活質量。促進癒合的藥物很多見，中藥以桂林西瓜霜、珍珠粉等散劑為主，西藥主要為含皮質激素、抗生素或生長因子的乳膏和膜劑等。選用區域性用藥時，可以先試用中藥再試用西藥。
全身治療在於縮短每次發作的病程，延長兩次發作的間隔。治療方法有中藥調理、免疫製劑調理，胃腸道疾病和抗貧血治療等。而且全身治療要摸準原發病。如口腔鱗癌應儘快手術;口腔結核要注重抗結核治療;口腔扁平苔蘚、盤狀紅斑狼瘡、白塞病等，應抓緊免疫治療。同時，還要糾正咬脣、咬頰、咬舌等不良習慣，拔除殘牙或改裝不合適的假牙。所以，這一過程比較複雜，病人不能自行用藥，應在醫生指導下進行。
此外，中醫認為口腔潰瘍有虛實之分。一般，首次發作的口腔潰瘍屬於實證，來勢凶猛，潰瘍表面往往是黃色的，面積較大，首先在使用區域性治療用藥，如最常用的桂林西瓜霜快速解決疼痛、促進潰瘍面癒合的基礎上，另外配合使用牛黃解毒丸等做調養。久發屬於虛證，顏色往往是白色，面積不大，也需要使用區域性治療用藥如桂林西瓜霜等快速解決疼痛，促進潰瘍面癒合，再配合服用六味地黃丸等做調養。但中醫辨虛實，涉及很多原則，普通老百姓較難掌握，最好聽聽醫生的診斷。