重症肌無力是由於體內產生大量抗乙醯膽鹼受體抗體，破壞突觸後膜運動終板上的乙醯膽鹼受體，導致出現肌無力症狀的一類自身免疫病。急危重患者經血漿置換，清除血漿中乙醯膽鹼受體抗體及其免疫複合物，能迅速緩解病情，為根治疾病贏得治療時間。但有效時間短暫，治療後不久肌無力復發。常發生以下副作用：
枸櫞酸中毒：有10%~15%的患者發生中毒症狀，由於血漿交換療法輸入較多的枸櫞酸，與血中鈣結合引起低血鈣，表現口脣周圍發麻，噁心，嘔吐，震顫，手足抽筋，心律失常，經補充鈣劑可緩解症狀。
血容量減少或低血壓：因體外迴圈需要較多血容量，故血漿分離過程中可產生血容量減少或低血壓，輕症者心動過速、出汗、噁心、耳鳴等症狀，重者暈厥發作或心、腦梗死。要求採血速度不宜過快，充分補液，適當補充膠體物質，糾正不良反應。
變態反應：新鮮冰凍血漿含有各種異性蛋白，變態反應難免，應在血漿置換時用抗組胺藥或腎上腺皮質激素對抗。
其他：見出血傾向，血清性肝炎等。
血漿置換是將患者體內患有致病物質的血漿交換出來，使血漿抗體濃度迅速降低，能有效緩解症狀，雖然存在上述副作用，只要嚴格按操作規程，採取必要防治措施，該療法通常安全。