男性不育症患者的體格檢查包括全身檢查和生殖器官的檢查兩部分。
一、全身檢查內容包括：測量身高、體重、指距、血壓。檢查心、肝、肺等臟器是否有嚴重慢性疾病。觀察第二性徵，包括體型、毛髮分佈（腋下、軀體、面部、會陰部）和青春期發育程度，有無男性乳房女性化、有無嗅覺異常等。如無鬍鬚、無喉結、陰毛及腋毛稀疏、發音高尖等體徵，應考慮為男性第二性徵不發育，有曲細精管發育不全（即克氏綜合徵）的可能。如血壓高、向心性肥胖、多毛、腹部有紫紋等，應考慮為皮質醇增多症，可致不育。
二、生殖器官檢查內容包括：一般宜直立位或平臥位進行，檢查有無生殖器官畸形、尿道上裂、下裂，有無陰莖海綿體硬結，陰莖大小（成年人長約7～10cm，勃起時可增加1倍）。有無嚴重的包莖、炎症、腫瘤等。睪丸大小（成年人睪丸體積平均19 8ml，小於12ml示睪丸發育不良，小而軟的睪丸常出現少精子或無精子）。檢查附睪有無增厚、觸痛或囊腫。輸精管是否缺如。病人站立、憋氣、增加腹壓以檢查有無精索靜脈曲張，陰部有無鞘膜積液。直腸指診，檢查前列腺形態、大小、質地、有無硬結，對慢性前列腺炎，可做前列腺按摩液顯微鏡檢查，如白血球增多或出現紅血球，可以確定診斷。