肛瘻常常反覆發作，這是為什麼呢？肛瘻是指直腸、肛與周圍面板相通所形成的瘻管。它的特點是以區域性反覆流膿、疼痛、瘙癢為主要症狀，並可觸及或控及瘻通向直腸。肛瘻一旦形成，自愈機會極少，並帶來一系列危害。有些肛瘻患者在接受完手術治療之後，還會出現肛瘻復發問題，復發的原因：
1、肛瘻復發之內口處理不當：絕大多數是因為內口沒有找準確，或沒有把感染的原發灶即內口徹底清除。
2、肛瘻復發之內口複雜：即瘻內口二個或二個以上時，尋找內口不完全，導致復發。
3、肛瘻復發之肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，肛門腺感染是肛瘻的重要病因，因此，要切除乾淨內口，以及內口附近有炎症的肛門腺及肛門腺導管。
4、肛瘻復發之瘻支管及其瘻空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管，即可導致復發。
5、肛瘻復發之新生成的肛瘻：多為患者因肛門腺感染，又發生了肛周膿腫，導致新的肛瘻，而被誤認為是復發，在臨床中不難鑑別。
大部分肛瘻由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿後形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在癒合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易癒合，日久後腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口面板生長較快，常有假性愈性，引起反覆發作。管道的感染多數為膿性感染，少數為結核性。