肛裂發病原因多，有內因和外因，排便異常、飲食因素、生理因素等都是其患病因素。患有肛裂需及時治療，以免發展為陳舊性肛裂，引發更多疾病
肛裂病理組織變化可分為四個階段：
初發期：由以上各種因素引起的肛裂，初起肛管面板淺表損傷，或呈表淺性潰瘍，創口周圍組織基本正常。
潰瘍形成期：創口有不良肉芽增生。創底見有環狀纖維，創緣面板增生。
慢性潰瘍期：創口陳舊性潰瘍，刨底可見內括約肌。
慢性潰瘍合併其它病理改變期：在慢性潰瘍基礎上有潛行性肛裂等、慢性肛裂常合併以下病理改變。
① 肛乳頭炎：潰瘍上端與齒線相連，炎性擴散，常引起肛竇炎，最後形成肛乳頭肥大。
② 肛竇炎：由肛竇感染擴散，肛管皮下形成小膿腫，破潰生成潰瘍。先有肛裂，後引起肛竇炎。
③ 梭形潰瘍：肛管面板裂傷，經過感染，形成潰瘍。
④ 肛門梳硬結：即櫛膜嗜厚和變硬，形成梳狀硬結，暴露在潰瘍的基底，妨礙括約肌的舒張，影響潰瘍的癒合。
⑤ 潛性瘻管：肛竇基底常見有瘻管於潰瘍相通，是因為肛竇感染化膿，形成小膿腫破潰所致。
⑥ 裂痔：裂口下端面板因炎症改變，淺部靜脈及淋巴迴流受阻，引起水腫，組織增生。形成結締組織性外痔，又稱為哨兵痔。