肛瘻患者都有自己切身的體會與痛苦。一旦肛瘻形成，自愈的機會極少，瘻管複雜化後，常會帶來許多麻煩與一定的危害性。
首先，是膿水汙染內褲，劇烈活動後可促使膿汁外溢，區域性經常受到刺激，面板摩擦、痛癢，非常痛苦，影響工作和學習
其次，久而久之可以使身體虛弱消瘦、精神不振、抗病能力下降，出現貧血，發作亦越加頻繁，形成互為因果。
再次，由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。
最後，肛瘻可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，然及周圍臟器，最重要的是，肛瘻還有惡定傾向。