原始的親子鑑定方法
外貌對比
由於遺傳的原因，父子、母子、兄弟姐妹之間的長相、膚色等一般都會有某些相似的地方，通過外貌長相的對比來確定親子關係恐怕是最原始的方法，但這樣方法只是一種猜測、判斷，作為一種參考。
滴骨驗親
滴骨驗親法就是將生者的血液滴在死人的骨骸上，若血液能滲透入骨則斷定生者與死者有血源關係，否則就沒有。三國時期的吳國人謝承所撰的《會稽先賢傳》就記載有以弟血滴兄骨骸之上認領長兄屍骨的事例；（《南史·豫章王綜傳》也記載有以子之血滴於父骨之上驗親的事例；至宋代，著名法醫學家宋慈將滴骨驗親法收入《洗冤集錄》中。據從現代的觀點來看，這種方法並不科學，但開創了用血型鑑別血源關係的先河。
滴血驗親
滴血驗親法又稱合血驗親法，就是將小孩的血與大人的血液放在一起，如果能融在一起，就是父母親生的，否則就不是親生的。這種認樣方法曾在中國宋代的法醫著作裡裡記載過。這種方法沒有科學依據，親子關係的血液不一定能融合，而非親子關係的血倒有可能融合。#p#副標題#e#
現代的親子鑑定方法
血型測試
血型測試進行親子鑑定就是通過對血型的檢驗比對來確親子關係。依據19世紀末被確認的孟德爾遺傳定律，人們認識到人類的血型是按照遺傳基因傳為下一代，故一定血型的父母所生子女也具有相應的血型，這為血型鑑定親子關係奠定了基礎。
用於血型檢驗來鑑別親子關係的血型系統主要有：
ABO血型系統
MN血型系統
Rh血型系統
Ss血型系統
hp血型系統
檢驗的血型系統越多，其準確性就越高，如果血型檢驗的結果表時無遺傳關係，可作出否定親子關係的結論，但結果存在遺傳關係也不能完全確定是親子關係。
二十世紀七十年代，人們發現可以用白血細胞的抗原來進行親子鑑定，準確性可達80%。再結合血型檢驗，能達到較高的準確程度。#p#副標題#e#
染色體多型性鑑定
20世紀80年代，醫學家們又開創了使用染色體多型性鑑定親子關係的技術，染色體多型性又稱異態性（heteromorphism），是指正常人群中常見的各種染色體形態的微小變異（如：隨體增大、重複或缺如，著比粒區的熒光強度變異等），這種多型是可以遺傳的。這項技術就是利用其形態來鑑定親子關係，這要靠技術人員的主觀判斷，其準確率也不盡如人意。
DNA鑑定
使用國產製劑進行親子鑑定
鑑定親子關係目前用得最多的是DNA分型鑑定。人的血液、毛髮、唾液、口腔細胞及骨頭等都可以用於親子鑑定，十分方便。
一個人有23對（46條）染色體，同一對染色體同一位置上的一對基因稱為等位基因，一般一個來自父親，一個來自母親。如果檢測到某個DNA位點的等位基因，一個與母親相同，另一個就應與父親相同，否則就存在疑問了。
利用DNA進行親子鑑定，只要作十幾至幾十個DNA位點作檢測，如果全部一樣，就可以確定親子關係，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關係，有一兩個位點不同，則應考慮基因突變的可能，加做一些位點的檢測進行辨別。DNA親子鑑定，否定親子關係的準確率幾近100%，肯定親子關係的準確率可達到99.99%。